En 1998, aún bajo la dirección del Padre Dominique Lagneau, se pudo dar inicio al gran proyecto de la construcción de la iglesia del Seminario.
El 15 de agosto del mismo año, tras varios meses intensivos de colocación de los cimientos, Monseñor Alfonso de Galarreta ponía solemnemente la primera piedra de la futura iglesia. Desde entonces hasta el año 2001, la construcción se prosiguió rápidamente.
El estilo elegido fue el neocolonial; el arquitecto se inspiró en las más tradicionales iglesias de la Argentina. Se aprovechó la construcción para dotar al Seminario de un nuevo claustro, de habitaciones para sacerdotes de paso, de una nueva sacristía, y de librería y locutorios para atender a la gente.
Finalmente, el 8 de diciembre de 2001, con gran asistencia de fieles, la iglesia era consagrada solemnemente por Monseñor Alfonso de Galarreta.